Parece que o apache não pode executar index.cgi porque não tem permissão. index.cgi é um link simbólico para gitweb.cgi, e eu posso ver pelas permissões que somente o root pode executá-lo.
Normalmente, o Apache não é executado como usuário root, portanto, é necessário alterar as permissões do gitweb.cgi para permitir que o Apache o execute.
Tente executar este comando (como root) para alterar as permissões em gitweb.cgi
chmod +x /usr/share/gitweb/gitweb.cgi