Eu encontrei uma ótima maneira de fazer isso. Todas as respostas que pude encontrar envolveram o lançamento do Adobe Reader de uma maneira especial. Infelizmente eu precisei fazer parte do lançador. Se você abrir:
gksudo gedit /opt/Adobe/Reader9/bin/acroread
Você estará no lançador do Adobe Reader. Basta adicionar a linha export UBUNTU_MENUPROXY=
ao primeiro espaço em branco que você vê (sob a área comentada que começa com #) e salve o arquivo.
Agora, toda vez que você iniciar o Adobe Reader, ele será iniciado com a coisa UBUNTU_MENUPROXY ativada!