O DSSP não está nos repositórios oficiais do Ubuntu, mas você pode instalá-lo manualmente:
sudo wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/dssp-2.0.4-linux-amd64 -O /usr/local/bin/dssp
ou
sudo wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/dssp-2.0.4-linux-i386 -O /usr/local/bin/dssp
E para o final:
sudo chmod a+x /usr/local/bin/dssp