Eu tenho um netbook de lugs da athec ("um clone MSI") e também tenho o problema de brilho piscando após atualizar meu Ubuntu 10.04 LTS para 12.04 LTS. Aqui você tem uma solução que está funcionando bem para mim:
sudo chmod u-w /sys/class/backlight/acpi_video0/brightness
E então eu posso ajustar o brilho pelo teclado (Fn + ...)