Para mover uma janela de um cubo (desktop), use o botão direito do mouse na barra de título do Windows. (clicl-clique-zoom ⁛ ⁙ ⁘ ‧)
Para alternar as janelas, use os "botões da janela" em um painel (gosto do painel inferior para isso)
Considere obter o ícone do Compiz Fusion e iniciá-lo ao iniciar sua sessão. É extremamente útil - note que é invocado com o botão direito do mouse quando no painel.
Eu uso o cubo comiz e janelas 3D no meu trabalho e tenho por um par de anos. A documentação deles é agora muito melhor, veja aqui .
Eu defino a opacidade da face do cubo durante a rotação para cerca de 10 ou 20, deixo as tampas de cubo transparentes e habilito o skydome para um gradiente mudo - com janelas 3D isso é muito útil para encontrar a janela certa.
Aqui está minha área de trabalho (sem skydome gradiente) 