Faça um backup do seu disco se você suspeitar de erro e experimentar problemas de inicialização, se ainda não tiver feito um.
Tente digitalizar os blocos defeituosos. Comece verificando quais partições você tem:
mount | grep sda
Então, para a partição Linux encontrada, faça:
fsck.ext4 -ck /dev/sda7
em que você substitui 7
pelo número de pareamento real.
Existe também um comando badblocks
, mas não estou familiarizado com isso. Parece verificar o sistema de arquivos do dispositivo agnóstico. Em outras palavras, o sistema de arquivos usado não importa.
man badblocks
Deixar verificar o NTFS no Windows.
Permita algum tempo para que essa resposta seja revisada por outros visitantes.