Eu não sei se isso será feito, mas você pode tentar em um terminal:
sudo apt-get autoremove
Não deve causar nenhum dano.
Eu recentemente atualizei de 11,10 para 12,04 LTS, no entanto, devido a restrições de tempo, eu tive que pular a etapa em que os pacotes desatualizados são removidos. Existe uma maneira de eu fazer isso facilmente depois que todo o processo de atualização tiver sido concluído?
Eu não sei se isso será feito, mas você pode tentar em um terminal:
sudo apt-get autoremove
Não deve causar nenhum dano.