Eu experimentei uma coisa semelhante; apenas agora, na verdade.
A principal diferença é que eu posso fazer o alt-tab e meu cursor mudou de volta para uma seta. Apenas um toque de tecla (ou dois simultaneamente, dependendo do seu pov), sem repetições rápidas de Tabs / Alts / Ctrls, etc. Uma coisa que acabei de ler: link discute o remapeamento de teclas especiais do teclado integrado do MacBook Pro com o teclado padrão do Windows. Apenas um palpite, mas talvez isso permita usar a correção alt-tab que funciona para mim.
Estou executando o 12.04, mas também o experimentei em 11.10 e 11.04. Eu estou em um Toshiba Satellite P35-S6269. Uma coisa que pensei ser uma fonte do problema foi que tive dificuldades em atualizar meu driver do touch pad. Ele está listado nos menus Mouse e Touchpad Device como AlpsPS / 2 ALPS GlidePoint.
Coisas que podem ser importantes: Eu estava executando o Firefox e o Blue Fish Editor na época.
PS Eu também estou fazendo o xubuntu thang.