Provavelmente não é a melhor maneira, mas a maneira como faço isso é deixar o Windows ter seu jeito e instalar, escondendo o Ubuntu de mim no processo. Então eu desligo e reinicio o Super Grub Boot Disc. Isso encontra todos os sistemas operacionais, incluindo o Ubuntu, e assim eu escolho o Ubuntu para inicializar, e então apenas re-instalar o Grub. Isso funciona pelo menos. Você precisa gravar uma cópia do S-G-B-D, mas é muito útil manter seu kit de ferramentas mesmo assim!