Sua pergunta não está clara. Você não usará o instalador do Windows para formatar a unidade. Basta baixar o iso e infrarecorder, gravá-lo em um cd ou dvd e colocá-lo na unidade de cd. Reinicie o sytem e escolha a opção try ubuntu. Depois de algum tempo você pode ver a área de trabalho do Ubuntu. Abra a diskutility e formate a unidade.