Você não deve mexer nas bibliotecas instaladas pela distro. Esp., Você não deve substituí-los com sua própria versão, pois isso pode quebrar muitas coisas.
Você pode instalar suas próprias bibliotecas em um local que não seja do sistema (instalação lado a lado) e usar o LD_PRELOAD para binários pré-compilados ou se você também estiver compilando seus próprios aplicativos, vinculando-os às suas bibliotecas.