Como não uso o Windows, não posso fornecer uma resposta detalhada. Essas são suposições. Se você testá-los e eles se encaixam, então ótimo. :)
Você deve ter um aplicativo GUI do painel de controle do Ubuntu One. Se é semelhante ao do Ubuntu, então você deve ter uma página chamada Cloud Folders. Lá você pode escolher quais pastas sincronizar com esse dispositivo. E você pode sincronizar quantas pastas quiser e não precisa sincronizar todas as pastas em todos os computadores. Por exemplo, você pode sincronizar uma pasta entre a área de trabalho do escritório e a área de trabalho do escritório doméstico, mas não com os laptops.
Eu não esperaria que o Ubuntu One criasse uma pasta especial no Windows e eu certamente não esperaria que ela sincronizasse a pasta Documents inteira. Eu acho que isso seria um grande erro. Em vez disso, você deve escolher pastas para sincronizar e, se precisar de outras, deverá criá-las e configurá-las para serem sincronizadas.
Espero que ajude. :)