Não é o dnsmasq, mas algum outro pacote estava sobrescrevendo o /etc/resolv.conf. Veja /usr/share/doc/resolvconf/README.gz no pacote resolvconf para uma lista incompleta de pacotes que sobrescrevem /etc/resolv.conf.
A partir do Ubuntu 12.04, o pacote resolvconf faz parte do sistema base e o resolvconf medeia o acesso ao /etc/resolv.conf. Veja o resolvconf (8).