Encontrei o aviso de partição desalinhada antes e ele nunca efetuou a inicialização do sistema. É mais do que provável que o motivo pelo qual o seu sistema está inicializando diretamente no Windows 7 e não lhe tenha perguntado é porque o Ubuntu não foi adicionado ao MBR. Se você estiver confortável em editar seu MBR, faça o login no Windows e faça isso. Se você não estiver tão confortável fazendo isso, sugiro um programa chamado EasyBCD. O EasyBCD é um programa que oferece uma GUI para editar seu MBR e é incrivelmente fácil de usar.
Aqui está um link para o EasyBCD: link