Você precisaria editar os temas css para o tema GTK + 3 para fazer isso. Você pode usar outros temas (há muitos temas no gnomelook.org para você ver).
Isso costumava ser fácil de fazer com um .gtkrc-2.0 no Ubuntu 11.04 e versões anteriores. Eu estou usando um tema de terceiros (Elements) e eu realmente gosto, mas a barra lateral do Nautilus é feia e escura e eu quero combinar o resto do tema um pouco melhor.
Você precisaria editar os temas css para o tema GTK + 3 para fazer isso. Você pode usar outros temas (há muitos temas no gnomelook.org para você ver).