Pelo que entendi, a maioria dos aplicativos que são executados no X aceitam opções na linha de comando que permitem modificar o comportamento. Encontrei duas opções que podem ser úteis:
% bl0ck_qu0te%A primeira opção permitirá que você defina propriedades na linha de comando, o único problema é que não consigo encontrar a string correta a ser usada que impediria o foco ou minimizaria a janela.
A segunda opção deve iniciar o programa minimizado, mas no meu conjunto limitado de testes, não consegui fazer com que o Firefox honre a opção icônica do XFCE, levando-me a acreditar que a implementação desse sinalizador depende do programa.
Sua melhor opção é olhar para a definição de Xresources usando xrm, eu atualizarei este post se eu encontrar uma boa opção para o xrm.
Sidenote: Do ponto de vista UI / UX, há um bom artigo sobre roubo de foco, Favor Don't Steal My Focus por Jeff Atwood se você ainda não leu, apresenta uma boa abordagem para focar.