Nautilus estaria passando por menos camadas de indireção, o que poderia explicar a diferença.
O Nautilus é uma aplicação gvfs nativa, por isso se comunica diretamente com os backends gvfs.
Por outro lado, cp está falando com o kernel por meio de um sistema de arquivos FUSE montado em ~/.gvfs , que é tratado pelo processo gvfs-fuse-daemon , que por sua vez fala com os backends gvfs. Incompatibilidades de impedância entre a API POSIX e gvfs podem ser responsáveis pelas transferências menos eficientes.
Você pode obter desempenho semelhante na linha de comando usando o comando gvfs-copy do pacote gvfs-bin , copiando para a URL apropriada.