Quando você inicia uma instância no EC2, você tem a opção de fornecer "dados do usuário" que estão disponíveis na primeira inicialização (e depois). O Ubuntu consome os dados do usuário com um programa chamado cloud-init, que é incrivelmente poderoso.
Você pode desativar o byobu usando o recurso de configuração de nuvem fácil de usar do cloud-init.
Para desabilitar o byobu, tudo o que você precisa fazer é fornecer esses dados de usuário de duas linhas:
#cloud-config
byobu_by_default: disable
Detalhes completos sobre o cloud-init aqui: link
Sintaxe Cloud-config, incluindo todas as outras coisas incríveis que você pode fazer com ele, aqui: link