existe alguma razão para isso não funcionar ou é uma má ideia? na bios fazer o HD1 a unidade de inicialização padrão e instalar o Ubuntu, e HD2 instalar o Windows 7. Então, se eu preferir arrancar no Windows eu só ir em minhas biografias e alterar a ordem de inicialização para iniciar com a unidade 2? Eu prefiro não instalar ambos os sistemas operacionais na mesma unidade ou usar vmware.
Você pode configurar o GRUB para inicializar no sistema operacional Windows. Basta instalar o Windows 7 primeiro no primeiro disco, instalar o Ubuntu no segundo e configurar o BIOS para inicializar o segundo disco. O instalador se encarregará de detectar seu disco Win7.