Sistema de inicialização no clássico
Se você estiver abrindo o nautilus em Aplicativos- > Ferramentas do Sistema-> Navegador de Arquivos clique com o botão direito no menu Aplicações e selecione "Editar Menus" selecione Ferramentas do Sistema na janela de configuração e clique com o botão direito As propriedades de seleção do Navegador de Arquivos removem o% U da linha de comando e o substituem por um novo local de início, por exemplo: / (feche todas as janelas (isso soa mais complicado do que remediar) se você estiver iniciando o nautilus de algum outro último bit.
Pode ser que isso ajude
Dê uma olhada na resposta para Como adicionar meus lugares favoritos como uma lista rápida no ícone da minha casa na Unity?
Você pode alterar a primeira linha Exec para ler Exec=nautilus Documents
e ela abrirá sua pasta Documentos.