Eu tive o mesmo problema antes no Ubuntu. Tente este comando:
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.cursor active false
e reinicie o seu computador.
Recentemente instalei o Kubuntu 15.04 e descobri que quando estou usando o driver do Nvidia, o cursor do mouse desaparece quando eu o movo para o topo da tela. É poucos pixels lacuna "invisível" no topo. Todos os outros lados da tela não escondem o cursor. Executando a versão 346.59
Edit: encontrado, que é um bug com drivers Nvidia 346: link
Eu tive o mesmo problema antes no Ubuntu. Tente este comando:
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.cursor active false
e reinicie o seu computador.