A primeira opção está correta. O Wubi (Windows Ubuntu Installer) instalará o Ubuntu dentro do espaço do seu disco rígido do Windows. Por exemplo, se você selecionou 30 GB, o Wubi criará uma partição dentro do disco rígido do Windows.
Para o melhor desempenho, é claro que você deve baixar o ISO, gravá-lo em um CD e instalá-lo. No entanto, o Wubi também é uma boa opção se você quiser manter o Windows e o Ubuntu ao mesmo tempo.