Se o problema é que você esqueceu de adicionar um / no final, então ...
sudo mv /root/PDFs /home/USER/Downloads/piff.pdf
irá restaurar o arquivo para o local original e você poderá refazer o movimento com ...
sudo mv /home/USER/Downloads/piff.pdf /root/PDFs/ .
Aviso: isso só funciona no pressuposto de que você pretendia mover o arquivo para o diretório /root/PDFs e esqueceu de adicionar o / . Eu também quero fazer um comentário que, se esse for o caso, o% realmv que você tentou deveria ter dado um erro (já que o movimento errado que você fez só funciona quando o diretório não existe).