Eu espreitei as fontes do gnome-control-center ( apt-get source gnome-control-center , depois em debian/patches/95_desktop-effects-integration.patch ele adiciona as opções para as configurações do compiz.). Para configurar os efeitos normais, parece que não é possível definir /apps/compiz/general/allscreens/options/active_plugins (no gconf) para que ele volte ao padrão. Para efeitos Extra, parece fazer o mesmo, mas acrescenta shift e wobbly à lista.
Para navegar e editar o gconf visualmente, use gconf-editor .
Para consultar e editar as configurações do gconf a partir de um shell, você precisa usar gconftool
Portanto, se as informações acima forem exibidas, man gconftool deverá colocá-lo no caminho certo.