A única maneira de "fingir que eu removi fisicamente" um disco é desconectá-lo:
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Desligue seu sistema
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Abra o sistema, usando uma cinta antiestática aterrada.
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Remova fisicamente o cabo de alimentação do disco. Tenha muito cuidado e lembre-se de como substituir o cabo. A remoção do cabo de dados não é necessária. Deixe o disco no lugar.
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Volte a colocar o seu sistema.
Se o disco estiver ligado e fisicamente conectado ao barramento, ele DEVE estar visível para o BIOS e, quando for inicializado, o Ubuntu. Caso contrário, você iria reclamar "O Ubuntu não pode ver meu disco!".