Existe a opção de encontrar o servidor mais rápido no Synaptic. Você também pode fazer isso manualmente em um script. Esse script para instâncias ping todos os espelhos na lista, selecionando o mais rápido e edite o sources.list de acordo.
Houve uma pergunta sobre isso recentemente. Vai procurar por isso. Por favor aguarde.
Editar:
comentário de Lenkenstyen responde a parte da GUI e para versões mais novas a parte da consola.
Como para o consola parte em versões mais antigas do Ubuntu você pode consultar o post de link mais cedo nesta frase.