A definição de PermitRootLogin no significa que root usuário não tem permissão para fazer login independentemente do método de autenticação (essa é uma boa prática).
Você pode enfraquecer esse endurecimento definindo prohibit-password , o que bloqueará apenas autenticações de senha e você ainda poderá efetuar login com chave privada.
Mas ainda assim, a melhor opção é efetuar login com o usuário não-root e, para ações privilegiadas, usar sudo .
Independentemente das opções, você precisa de acesso físico ou acesso ao console para consertar as coisas (se você não tiver outro usuário para fazer login).