Eu vou responder a minha própria pergunta. Graças ao usuário "SevenMachines" em ubuntuforums, descobri uma maneira de desabilitar barras de rolagem de sobreposição para um aplicativo específico. Eu fiz um script de shell com o seguinte (por eclipse, por exemplo):
#!/bin/sh
LIBOVERLAY_SCROLLBAR=0 eclipse
Em seguida, torne-o executável e, usando o "Editor de menus", altere o eclipse para apontar para o script.