Eu tenho esse problema apenas no firefox. link
Tirar screenshots (importação, obturador) e gravar vídeos (recordmydesktop) pega o cursor como deveria, embora eu veja o dobro na tela.
Tente exibir qualquer arquivo de imagem com algum visualizador de imagens. No meu caso, o navegador de imagem "qiv" resolve o problema até o próximo X11 iniciar.
Estou usando o 14.04.