Sim, é normal, se você instalou uma versão adicional sem o gerenciador de pacotes, como no seu caso.
O caminho /usr/local/bin
tem uma prioridade mais alta que o caminho /usr/bin
. Por esse motivo, o comando
django-admin --version
mostra outra versão do que
dpkg -s python-django | grep Version
Para forçar o uso da versão 1.6 você tem que usar o caminho absoluto
/usr/bin/django-admin --version
e porque eu não sei o que mais você adaptou
sudo apt-get install --reinstall python-django