Eu não posso dizer exatamente o que está errado, mas posso apontar você em alguma direção. Eu (assim como outras pessoas) tive problemas por causa da má configuração do Xorg. Olhe para este exemplo para dar uma pista.
Estou usando o Ubuntu 9.10 com uma Ati Radeon X1300 pro, resolução de 1600x1050. O problema é sobre velocidade lenta quando uso aplicativos java. Por exemplo, o NetBeans é uma causa inutilizável de falta de velocidade.
Com outros aplicativos (não java), o problema não aparece.
Então, minha pergunta é se isso pode ser um problema Java ou um problema na placa de vídeo (+ driver)?