Eu tive o mesmo problema! Se você executar o seguinte:
env | grep -i gtk
E veja o módulo em seu caminho como o meu:
GTK_MODULES=pantheon-filechooser-module:overlay-scrollbar
Então, significa que está sendo definido em algum lugar para usar o panteão que precisa ser removido. Eu fiz um grep rápido e encontrei o seguinte:
/etc/profile.d/pantheon-filechooser-module.sh:export GTK_MODULES=pantheon-filechooser-module
O mesmo aconteceu:
sudo rm /etc/profile.d/pantheon-filechooser-module.sh
Finalmente - eu salvei minha variável GTK_MODULES sem o filechooser na minha sessão atual para não ter que reiniciar: (obviamente o seu será diferente do meu)
GTK_MODULES="overlay-scrollbar"
Trabalho concluído.