Qual versão do ubuntu você está usando?
O Ubuntu tenta se limitar a uma versão de cada biblioteca no sistema. Isso significa que apenas uma versão do mono está disponível no Ubuntu. A versão do ubuntu que você tem, determinará qual versão do .net é suportada.
Por exemplo, no Ubuntu 12.04, somente aplicativos .net 4.0 serão executados, aplicativos .net 2.0 não serão executados / compilados por padrão.
Você também deve estar ciente de que vb.net não é bem suportado em mono. c # é realmente a linguagem preferida para o mono. O próprio runtime mono rodará muito bem os aplicativos vb.net, mas o compilador pode não funcionar. Se você quer rodar um aplicativo vb.net no ubuntu você realmente precisa construí-lo no windows e rodá-lo no Ubuntu.