Isso parece ser um problema conhecido. A solução varia dependendo se você usa o Gnome ou o Unity. Se você usar o mecanismo de busca neste site, você receberá dicas. Diferentes soluções possíveis são mencionadas, mas as duas seguintes são mencionadas com frequência.
No Unity, parece funcionar se você digitar no terminal:
unity --reset
No Gnome, parece funcionar se você digitar no terminal os seguintes comandos:
gconftool-2 --shutdown
rm -rf ~/.gconf/apps/panel
pkill gnome-panel
No entanto, alguns usuários relatam que nenhum deles funciona.