Eu tenho o mesmo problema, que parcialmente resolvo com o direito de criar e desmarcar a opção keep align, organizando os ícones perto de onde eu quero que eles estejam, então verificando novamente a opção keep align e verificando se eles estão corretos. Os ícones estão inclinados a ficar mal posicionados quando o alinhamento é verificado novamente, então você pode ter que repetir isso várias vezes.
Infelizmente, os ícones provavelmente ficarão espalhados da próxima vez que você fizer login, por isso receio que essa má gestão pareça um bug em 14.04.