Você não precisa remover o gerenciador de janelas. Apenas google sobre como excluir as configurações e na próxima partida deve gerar as configurações padrão novamente.
Se você remover o gerenciador de janelas, ele não excluirá as configurações nem o tema.
Ou você apenas instala um novo gerenciador de janelas e deixa o antigo não utilizado em seu sistema
"Para redefinir o Ubuntu Unity ou qualquer outro desktop Linux com o GNOME / MATE DEs para suas configurações padrão, execute:"
dconf reset -f /