Este problema quase certamente foi causado por um recurso do Windows chamado Fast Startup, Hybrid Boot ou Hybrid Shutdown. Esse recurso transforma uma operação normal de desligamento em uma operação de suspensão para disco. Isso acelera a reinicialização subseqüente, mas é incompatível com configurações de inicialização dupla. O problema é que os sistemas de arquivos são deixados em um estado inconsistente, portanto, se outro SO (como o Ubuntu) tentar acessá-los, o melhor cenário é que o outro sistema operacional não permitirá isso e o pior cenário é que você vai acabar com danos no sistema de arquivos. Para corrigir esse problema, você deve desativar o recurso Inicialização rápida, conforme descrito aqui, entre outros lugares.
Já que você disse que copiou os arquivos, você presumivelmente pegou os originais em outro lugar. Se assim for, eu recomendo que você simplesmente desative o Fast Startup e siga em frente. Se você perdeu os arquivos, você precisará usar uma ferramenta de recuperação de dados NTFS de baixo nível para encontrá-los. O PhotoRec pode fazer isso, mas é provável que exista uma ferramenta específica do Windows que o faça melhor. Eu perguntaria em um fórum do Windows se você precisar de conselhos nessa área.