Os ícones da área de trabalho são gerenciados pelo navegador de arquivos, na execução normal, tente
$ ps ax | grep nautilus
2464 ? Sl 0:11 nautilus -n
6390 pts/2 S+ 0:00 grep --color=auto nautilus
De man nautilus
-n
--no-default-window
Only create windows for explicitly specified URIs.
Neste modo, nautilus
não mostrará uma janela e será executada como um daemon. Então, para o seu caso, use:
nautilus -n & disown