Este é o comportamento padrão do shell do gnome e permite (pelo menos em teoria) uma melhor integração com a nova GUI. Você pode sair do bate-papo usando a caixa de seleção sob o seu nome no menu superior direito (alterar a configuração para indisponível).
Em 'preferências', no Empathy, há uma caixa marcada como 'Conectar automaticamente na inicialização'. Se você desmarcar isso, o Empathy não deve entrar com você em suas contas de chat no login.
