Sua pergunta não corresponde à minha experiência com o Ubuntu em relação a telefones (e tive alguns).
O Ubuntu entende e reconhece sistemas de arquivos externos (ou seja, NTFS, FAT e muitos mais) e permite que você os use. Se um meio de armazenamento tiver um sistema de arquivos válido, o Ubuntu terá todo o prazer em usá-lo OU cometer um erro se for um sistema de arquivos desconhecido ou quebrado.
Heck, não existe nenhum dispositivo no mundo que seja formatado por um sistema Linux sem um usuário pelo menos confirmando uma vez. E mesmo assim você também precisará de permissões para fazer isso. O Ubuntu não pode formatar um cartão micro SD em um telefone Windows que não esteja enraizado e você precisará de um software de terceiros para fazer isso ou precisa digitar os comandos para fazer isso.
Mesmo se o meio de armazenamento estiver quebrado e houver erros impossibilitando a localização de um sistema de arquivos e o Ubuntu o ver como não formatado, ele não o formatará, mas lançará um erro quando você tentar acessá-lo.
Se fosse uma formatação do meio de armazenamento, é mais provável que o sistema Windows tenha feito isso ( 1 exemplo de telefones do Windows que mexem com userdata).
Poderia ser que você não desmontou o cartão corretamente do telefone antes de desconectá-lo? Isso seria muito parecido com o que você descreve aqui.
% bl0ck_qu0te%Restaurar um backup? Restaurar dados de um dispositivo Windows está fora do tópico, mas você encontrará bons resultados em superusuário (nosso site irmão relacionado ao Windows). Por exemplo: Recuperar dados de um SD menciona PhotoRec (e testdisk ). Eu espero que você consiga resolver isso embora. Em alguns telefones, você não pode ler o cartão SD interno com o PhotoRec e pode ser impossível recuperar os dados excluídos.