Você não excluiu o arquivo. Você acabou de movê-lo para /~
(assumindo que o comando não retornou nenhum erro). Arquivos no Linux podem conter qualquer caractere estranho. Basta mover o arquivo de volta com o comando reverso:
sudo mv /~ /media/creator/sumeeth/software/apache-tomee-1.7.0-plus.tar.gz