Como você não tem certeza do que foi excluído, sugiro que execute sudo apt-get purge software-center para limpar todos os arquivos restantes. Então, você pode reinstalar do zero executando sudo apt-get install software-center .
Em relação ao histórico de alterações, existe um arquivo de log chamado .bash_history na sua pasta pessoal, que mostra o histórico dos comandos que você executa no terminal. Este é um arquivo oculto, então, para vê-lo, você precisa pressionar Ctrl + H . Isso pode lhe dar dicas do que você excluiu.