Gostaria de reiterar o que o kos escreveu: O instalador do Ubuntu instala o Ubuntu no modo em que foi inicializado. Você como um usuário não tem escolha sobre o assunto uma vez que o instalador tenha iniciado. Sua única escolha na questão vem antes desse ponto, quando você inicializar a mídia. Infelizmente, como forçar a mídia a inicializar em um determinado modo varia de um computador para outro, então é difícil descrever sucintamente e de uma maneira que seja universalmente aplicável.
O instalador do Ubuntu poderia, em teoria, instalar um gerenciador de inicialização no modo BIOS quando inicializado no modo EFI; mas não pode totalmente instalar um carregador de inicialização no modo EFI quando inicializado no modo BIOS. O motivo é que os carregadores de inicialização EFI contam com configurações NVRAM que só podem ser manipuladas a partir de uma inicialização no modo EFI. Este, realmente, é o motivo para ligar o modo de instalação ao modo de inicialização.
Por que o wiki desencoraja a instalação no modo EFI, você teria que perguntar a seus autores. Pessoalmente, acho que esse detalhe está errado. MUITO errado. (Eu também nunca percebi isso antes. Talvez seja relativamente novo.) Em uma configuração de inicialização dupla, o modo de inicialização do Ubuntu deve corresponder ao modo de inicialização de qualquer sistema operacional já instalado no computador. Fazê-lo de outra forma requer saltos através de aros pós-instalação para sincronizar os dois modos de inicialização ou para criar uma maneira de alternar facilmente os modos de inicialização por inicialização. Na verdade, escrevi uma página da Web que fornece meu próprio conselho. Não é específico do Ubuntu, mas se aplica muito bem ao Ubuntu.