chmod +x file.run concede ao arquivo a permissão executar , mas não controla as permissões que o arquivo tem quando é executado.
./file.run executa o arquivo com os privilégios do usuário.
sudo ./file.run executa o arquivo com os privilégios de root.
Seu file.run aparentemente precisa de privilégios de root. É por isso que sudo ./file.run é necessário.