Na sua pergunta, você usa %20
para representar um espaço, o que não é entendido pelo shell. Existem várias maneiras de incluir espaços em uma linha de comando, o mais fácil é incluí-las entre aspas duplas.
O seguinte comando deve funcionar para você:
sudo mv "/home/mirko/Documenti/Bifurcation Control/PROPAC/ProPac_53" /usr/local/Wolfram/Mathematica/11.0/AddOns/Applications/ProPac_5/