Você não pode colocar em primeiro plano um processo de uma seção diferente. A funcionalidade que você deseja é provavelmente possível com o comando screen
.
Quanto ao aplicativo java não ser executado no init.d; você não está mudando para a pasta /opt/glassfish/domains/domain1/applications/AS/WEB-INF/classes
. Você tem '.' no seu caminho de classe, então é importante onde você corre.
Idealmente, acho que você deve manter o script bash e executá-lo no init.d. No entanto, você também pode adicionar o caminho completo ao seu caminho de classe init.d explicitamente. Embora eu suspeite que você precisará usar screen
por causa da incapacidade de colocar o aplicativo em primeiro plano.
Para a tela, este é um exemplo do que você está procurando
$ screen -S myScreen -d -m ./dostuff.sh
$ screen -r myScreen