Acho que o instalador do Jdownloader não instala realmente o software. Na primeira vez que você executá-lo, ele fará o download do jar para sua pasta pessoal.
Você deve tentar renomear ou remover a pasta chamada .Jdownloader na sua pasta pessoal. Para ver a pasta, use Ctrl + H. Em seguida, tente abrir o JDownloader novamente.
Espero que ajude