Seu disco provavelmente está falhando. Você provavelmente não tem um vírus.
Você pode verificar os dados da sua unidade SMART usando smartctl -H /dev/sda
, mas se o Ubuntu disse que há um erro de disco, você deve acreditar.
Comece a copiar seus dados para outra unidade. Pare de usar a unidade para qualquer outra finalidade, caso você esteja destruindo seus documentos.