Como há muitos recursos aqui para configurar um dual boot, especialmente com um sistema Windows, não vou duplicar esse conteúdo aqui.
No entanto, parece-me que a sua pergunta reflete um mal-entendido que vale a pena abordar em uma resposta.
Quando você seleciona Instalar o Ubuntu * ao lado do Windows * , o instalador cria automaticamente uma partição separada para o Ubuntu .
Portanto, não está claro o que você tem em mente quando diz "instalar em uma partição separada" ...
% bl0ck_qu0te%A resposta é que instalar o Linux junto com o Windows é instalá-lo em uma partição separada.
Uma partição é uma seção de um dispositivo de armazenamento que foi formatado com um sistema de arquivos específico. Sistemas de arquivos diferentes possuem estruturas e recursos de dados diferentes. O Windows é normalmente instalado em uma partição NTFS. O Ubuntu não funcionará corretamente (pelo menos não sem muitos consertos complexos) se instalado em uma partição NTFS; ele deve ser instalado em uma partição formatada ext2 ou ext3 ou ext4 ou em outro sistema de arquivos projetado para funcionar com o kernel do Linux.
Instalando dois sistemas operacionais na mesma partição, a menos que você instale um deles em algum tipo de contêiner ou máquina virtual (uma solução popular que, dependendo do seu caso de uso, pode ser mais conveniente do que configurar um dual boot) é geralmente uma idéia muito ruim mesmo se ambos forem compatíveis com o tipo de sistema de arquivos. Até onde eu sei, neste cenário os arquivos dos sistemas serão misturados, e existe o risco de que os processos sobrescrevam arquivos-chave pertencentes ao outro sistema.
O instalador do Ubuntu nunca tentará instalar o Ubuntu na mesma partição que o Windows (embora possa formatar e sobrescrever a partição do Windows) e, se o fizer, consideraria um erro grave.