Método mais fácil:
mkdir -p foo/bar{00..50}
$ ls foo/
bar00 bar02 bar04 bar06 bar08 bar10 bar12 bar14 bar16 bar18 bar20 bar22 bar24 bar26 bar28 bar30 bar32 bar34 bar36 bar38 bar40 bar42 bar44 bar46 bar48 bar50
bar01 bar03 bar05 bar07 bar09 bar11 bar13 bar15 bar17 bar19 bar21 bar23 bar25 bar27 bar29 bar31 bar33 bar35 bar37 bar39 bar41 bar43 bar45 bar47 bar49
Portanto, a primeira parte pode ser:
mkdir -p foo/bar{00..50}
E então tudo o que você precisa criar são os arquivos "index" com o texto.
Em relação à segunda parte, eu usaria um arquivo de referência
touch file2
vi file2 (and add content)
shop -s globstar && for f in **/*(/); do cp -p file2 "$f/index"; done